This page is in Spanish, as our pyrosequencing service is conceived for Mexican users. However, if you are interested please contact us from anywhere in the world at: szaina@ugto.mx
Servicio de pirosecuenciación
¿Qué es la pirosecuenciación?
Es una tecnología de secuenciación del DNA por síntesis, cuantitativa. Cada reacción de pirosecuenciación permite determinar la secuencia de una porción corta (<30-40 pb) de un locus específico o de una familia específica de secuencias repetidas. Una diferencia importante entre la pirosecuenciación y la secuenciación tradicional de Sanger es que en la pirosecuenciación los datos son obtenidos por secuenciación de un producto de PCR, por lo tanto no es necesario aislar y secuenciar clonas individuales.
Nuestra plataforma no es de secuenciación masiva. Existen centros excelentes en el país (UNAM, CINVESTAV, entre otros) que ofrecen ese servicio.
¿Para qué sirve?
- Genotipación de SNPs y variantes genéticas en general. El resultado es el porcentaje respectivo de cada alelo (por ejemplo %C y %T en el caso de un SNP C/T). Ejemplos de aplicaciones: validación de asociaciones encontradas en estudios basados en microarreglos o en secuenciación masiva; estudios de asociación genética con SNPs candidatos; detección de mutaciones relacionadas con una enfermedad.
- Metilación del DNA en loci específicos. Se realiza con DNA modificado por bisulfito. El resultado es el porcentaje de metilación: %C (metilado) y %T (no metilado). Dependiendo de las características de la secuencia, se puede determinar el estado de metilación de varios sitios en una corrida. Ejemplos de aplicaciones: validación del perfil de metilación de CpG específicos obtenido por microarreglos u otras tecnologías de epigenómica; estudio del estado de metilación de loci candidatos.
- Metilación global del genoma. Se realiza de dos maneras: 1) Por el ensayo LUMA (Mohsen et al. Epigenetics 2006;1:45-48). En este caso se utiliza el porcentaje de sitios HpaII no metilados como proxy del nivel de metilación global del genoma. 2) Determinando el nivel de metilación de transposones como proxy del nivel de metilación global del genoma. Tenemos protocolos listos para transposones humanos y murinos, pero es posible analizar otros organismos. El ensayo LUMA tiene la ventaja de utilizar DNA nativo y de tener un costo inferior.
- Desbalance de la expresión alélica. Ejemplo: estudios del impacto transcripcional de variantes genéticas en la secuencia codificante.
- Secuenciación del DNA de novo.
- Ideas novedosas: las escuchamos con interés.
¿Quién ofrece el servicio?
El responsable técnico es Silvio Zaina (szaina@ugto.mx), Profesor del Departamento de Ciencias Médicas de la División de Ciencias de la Salud, Campus León, Universidad de Guanajuato.
¿Qué plataforma utilizamos?
PyroMark™ Q24 de Qiagen. Contamos con el equipo gracias al apoyo CONACyT proyecto 2015-01-584, convocatoria “Proyectos de Desarrollo Científico para Atender Problemas Nacionales 2015”.
¿Qué ventajas tiene?
- Es cuantitativa.
- Es económica.
- No requiere la preparación de librerías.
- No requiere el aislamiento y secuenciación de clonas individuales.
- Los resultados se entregan en un formato sencillo (MS Excel, .txt).
- El PyroMark™ Q24 cumple con los requisitos europeos para diagnóstico in vitro (Annex III of the European Directive for In Vitro Diagnostic Medical Devices 98/79/EC).
¿Cuantas pb se puede secuenciar en una corrida?
De manera confiable <40 pb, aunque este valor puede variar.
¿Qué ofrecemos y cuanto cuesta?
Tenemos diferentes paquetes. El paquete de servicio mínimo incluye:
- corrida
- análisis y entrega de resultados.
Este paquete cuesta 175 Pesos MN por reacción, para un mínimo de 100 reacciones. En el caso de un tamaño de muestra menor, el precio se determinará caso por caso.
Otros paquetes más completos incluyen todos o algunos de los siguientes pasos del proceso de pirosecuenciación, de acuerdo con las necesidades del usuario:
- diseño de primers
- extracción de DNA
- modificación de DNA con bisulfito (para estudios de metilación del ADN)
- extracción de RNA, síntesis de cDNA (para estudios de desbalance de la expresión alélica)
- PCR
- corrida
- análisis y entrega de resultados
El costo varía y será negociado con el usuario.
En todos casos, no aceptamos productos de PCR que no pasen el criterio de calidad: banda única del tamaño esperado, utilización completa de los primers.
El precio del servicio puede fluctuar por variaciones en el costo de los reactivos.
¿Como se solicita el servicio?
Recomendamos que los interesados se acerquen al responsable Silvio Zaina (szaina@ugto.mx) para presentar sus necesidades: número de muestras, tipo de ensayo, cotización, etc.
¿Como se paga el servicio?
Pidiendo las instrucciones al correo: szaina@ugto.mx.
IMPORTANTE
- Si el usuario paga en línea recibirá un comprobante electrónico que llegará directamente al correo registrado. Guarde el archivo por seguridad e imprima una copia para entregar junto con el formato.
- Si el usuario paga en banco deberá conservar el voucher original y entregar una copia del mismo con el formato de pago.
- Envíe el comprobante de pago al correo: szaina@ugto.mx. Una vez que tengamos el comprobante de pago, recibiremos las muestras y pediremos los reactivos que no tengamos en existencia.
Es una tecnología de secuenciación del DNA por síntesis, cuantitativa. Cada reacción de pirosecuenciación permite determinar la secuencia de una porción corta (<30-40 pb) de un locus específico o de una familia específica de secuencias repetidas. Una diferencia importante entre la pirosecuenciación y la secuenciación tradicional de Sanger es que en la pirosecuenciación los datos son obtenidos por secuenciación de un producto de PCR, por lo tanto no es necesario aislar y secuenciar clonas individuales.
Nuestra plataforma no es de secuenciación masiva. Existen centros excelentes en el país (UNAM, CINVESTAV, entre otros) que ofrecen ese servicio.
¿Para qué sirve?
- Genotipación de SNPs y variantes genéticas en general. El resultado es el porcentaje respectivo de cada alelo (por ejemplo %C y %T en el caso de un SNP C/T). Ejemplos de aplicaciones: validación de asociaciones encontradas en estudios basados en microarreglos o en secuenciación masiva; estudios de asociación genética con SNPs candidatos; detección de mutaciones relacionadas con una enfermedad.
- Metilación del DNA en loci específicos. Se realiza con DNA modificado por bisulfito. El resultado es el porcentaje de metilación: %C (metilado) y %T (no metilado). Dependiendo de las características de la secuencia, se puede determinar el estado de metilación de varios sitios en una corrida. Ejemplos de aplicaciones: validación del perfil de metilación de CpG específicos obtenido por microarreglos u otras tecnologías de epigenómica; estudio del estado de metilación de loci candidatos.
- Metilación global del genoma. Se realiza de dos maneras: 1) Por el ensayo LUMA (Mohsen et al. Epigenetics 2006;1:45-48). En este caso se utiliza el porcentaje de sitios HpaII no metilados como proxy del nivel de metilación global del genoma. 2) Determinando el nivel de metilación de transposones como proxy del nivel de metilación global del genoma. Tenemos protocolos listos para transposones humanos y murinos, pero es posible analizar otros organismos. El ensayo LUMA tiene la ventaja de utilizar DNA nativo y de tener un costo inferior.
- Desbalance de la expresión alélica. Ejemplo: estudios del impacto transcripcional de variantes genéticas en la secuencia codificante.
- Secuenciación del DNA de novo.
- Ideas novedosas: las escuchamos con interés.
¿Quién ofrece el servicio?
El responsable técnico es Silvio Zaina (szaina@ugto.mx), Profesor del Departamento de Ciencias Médicas de la División de Ciencias de la Salud, Campus León, Universidad de Guanajuato.
¿Qué plataforma utilizamos?
PyroMark™ Q24 de Qiagen. Contamos con el equipo gracias al apoyo CONACyT proyecto 2015-01-584, convocatoria “Proyectos de Desarrollo Científico para Atender Problemas Nacionales 2015”.
¿Qué ventajas tiene?
- Es cuantitativa.
- Es económica.
- No requiere la preparación de librerías.
- No requiere el aislamiento y secuenciación de clonas individuales.
- Los resultados se entregan en un formato sencillo (MS Excel, .txt).
- El PyroMark™ Q24 cumple con los requisitos europeos para diagnóstico in vitro (Annex III of the European Directive for In Vitro Diagnostic Medical Devices 98/79/EC).
¿Cuantas pb se puede secuenciar en una corrida?
De manera confiable <40 pb, aunque este valor puede variar.
¿Qué ofrecemos y cuanto cuesta?
Tenemos diferentes paquetes. El paquete de servicio mínimo incluye:
- corrida
- análisis y entrega de resultados.
Este paquete cuesta 175 Pesos MN por reacción, para un mínimo de 100 reacciones. En el caso de un tamaño de muestra menor, el precio se determinará caso por caso.
Otros paquetes más completos incluyen todos o algunos de los siguientes pasos del proceso de pirosecuenciación, de acuerdo con las necesidades del usuario:
- diseño de primers
- extracción de DNA
- modificación de DNA con bisulfito (para estudios de metilación del ADN)
- extracción de RNA, síntesis de cDNA (para estudios de desbalance de la expresión alélica)
- PCR
- corrida
- análisis y entrega de resultados
El costo varía y será negociado con el usuario.
En todos casos, no aceptamos productos de PCR que no pasen el criterio de calidad: banda única del tamaño esperado, utilización completa de los primers.
El precio del servicio puede fluctuar por variaciones en el costo de los reactivos.
¿Como se solicita el servicio?
Recomendamos que los interesados se acerquen al responsable Silvio Zaina (szaina@ugto.mx) para presentar sus necesidades: número de muestras, tipo de ensayo, cotización, etc.
¿Como se paga el servicio?
Pidiendo las instrucciones al correo: szaina@ugto.mx.
IMPORTANTE
- Si el usuario paga en línea recibirá un comprobante electrónico que llegará directamente al correo registrado. Guarde el archivo por seguridad e imprima una copia para entregar junto con el formato.
- Si el usuario paga en banco deberá conservar el voucher original y entregar una copia del mismo con el formato de pago.
- Envíe el comprobante de pago al correo: szaina@ugto.mx. Una vez que tengamos el comprobante de pago, recibiremos las muestras y pediremos los reactivos que no tengamos en existencia.